Tra i manoscritti di Oretti relativi alle opere d'arte si ricordano in particolare il ms. B.30, Pitture nelle chiese di Bologna, il ms. B.104, Pitture nei palazzi e case nobili di Bologna e il ms. B.110, Pitture nelli palazzi e case di villa nel territorio bolognese.
Le biografie degli artisti facenti capo alla scuola bolognese sono contenute principalmente in Notizie dei professori del disegno (mss. B.123-135); altre notizie biografiche sono comprese nell'Aggiunta di molti professori di pittura scultura architettura non nominati dall'Orlandi (mss. B.136-147). Sono inoltre presenti una Raccolta di marche di pittori e scultori (ms. B.111), lettere autografe di artisti e committenti dirette a Oretti (mss. B.119-121), oltre a testamenti di artisti, inventari e stime di pitture e disegni, trascrizioni di lapidi sepolcrali, e più in generale diverse miscellanee di notizie artistiche.
Le opere di Oretti e altri manoscritti da lui posseduti sono conservati nella raccolta Manoscritti B, costituita in Biblioteca nell'arco di circa due secoli con materiali di diversa provenienza, tipologia ed epoca, di autori bolognesi o, più in generale, riguardanti la storia, la cultura e la vita bolognese.
La realizzazione del progetto I Manoscritti di Marcello Oretti ha consentito di mettere a disposizione per la consultazione online in formato digitale le riproduzioni dei 62 manoscritti di cui Oretti risulta indicato come autore in Inventari dei manoscritti delle biblioteche d'Italia (Firenze, Olschki, vol. LIII, a cura di Lodovico Barbieri, con prefazione di Albano Sorbelli, stampa 1933; vol. LXIX, a cura di L. Barbieri, stampa 1939), compresi i volumi del suo epistolario.
