Il cortile
Il cortile a doppio loggiato, vero fulcro dell'edificio, risente dell'influenza dell'architettura dei collegi universitari, di cui a Bologna quello di Spagna rappresenta il prototipo, e ricorda i cortili dei palazzi nobiliari cittadini dove si svolgevano sontuose cerimonie anche di carattere pubblico.
Il cortile fu teatro di numerosi avvenimenti legati alla storia dello Studio: la cerimonia più pittoresca era la preparazione della Teriaca, farmaco ottenuto dalla combinazione di ben cinquanta elementi che fungeva da panacea contro tutti mali e in particolare contro il morso degli animali selvatici e velenosi.
Come tutte le sale e le pareti dell'edificio, il cortile è adorno di stemmi e memorie scolpite o dipinte. Sulla volta d'ingresso, in una posizione di grande rilievo, campeggia l'affresco in onore del cardinale Benedetto Giustiniani, dedicatogli da Diego de Leon Garavito, uno studente spagnolo nativo di Lima in Perù, primo studente "americano" all'Università di Bologna.
La "memoria" dedicata ai fratelli Fornasari (eseguita intorno al 1678 - 1679) offre un esempio della grande varietà di materiali con cui questi monumenti venivano realizzati: vi si impiegarono, oltre alla decorazione pittorica, gesso, metallo, arenaria.
Il duplice ritratto dei Fornasari sovrasta il grande affresco allusivo, nei simboli incrociati dell'alba e del tramonto, dell'attività dei due legisti nonché della giustizia e del diritto.
Un nero e panciuto globo, sul quale è inserita l'iscrizione celebrativa, appare sormontato da un sole (il Sole della Giustizia) a rilievo, i cui raggi sono in parte coperti da una lastra ovale metallica sul quale sono effigiati con colori ad olio i volti dei due fratelli Fornasari (il duplice ritratto è attribuibile a Lorenzo Bergonzoni). Il Sole della Giustizia appare quindi, nell'allusivo e barocco linguaggio simbolico, nel segno dei Gemelli. Il globo nero, fulcro della composizione e posto fra l'architrave della porta e la volta soprastante, è circondato da un affresco con varie figure simboliche, opera del noto pittore bolognese Giovanni Antonio Burrini. In basso una donna distesa, dal seno scoperto e con una spada, rappresenta la Giustizia; a sinistra uno dei due Dioscuri, il pugile Polluce, solleva un bimbo, Lucifero la stella della mattina; mentre a destra il domatore di cavalli Castore regge un altro bambino, Espero la stella della sera, rappresentato nell'atto di coprirsi la testa. La complessa figurazione allegorica vuole capziosamente alludere al fatto che il primo dei due fratelli era lettore primario de mane e l'altro lettore ordinario de sero, di modo che il Sole della Giustizia, trovandosi in mezzo fra la mattina (Lucifero) e la sera (Espero), risultava comunque sempre nel segno astrologico dei Gemelli (i Dioscuri Castore Polluce, allusivi ai fratelli Fornasari): "Lucifero medius et Hespero stet Sol Iustitiae semper in Geminis".
L'affresco, opera di Giovanni Antonio Burrini, è una significativa espressione del capzioso simbolismo della cultura figurativa di età barocca.